Amikor a szülők azzal szembesülnek, hogy a gyermeküknek komoly tanulási zavara van, az első kérdés, amit föltesznek: mi okozta, ki hibázott? A szakemberek véleménye szerint, szinte lehetetlen egyetlen okra visszavezetni az ilyen rendellenességeket. Azt azonban már tudjuk, hogy mi minden játszhat szerepet ezek kialakulásában.
Korábban az az álláspont uralkodott, hogy valamilyen konkrét idegrendszeri probléma váltja ki a tanulási rendellenességeket. Az utóbbi évtized kutatásai alapján ma már sokkal összetettebbnek látjuk az okokat. Egyre több tudományos bizonyíték van arra, hogy nem egyetlen agyterületnek a rendellenes működéséről van szó, hanem a különböző agyi régiók közötti információs kapcsolatban lépnek fel különböző problémák. Vagyis a tanulási zavar az agy struktúrájában és működésében észlelhető finom eltérések következménye. Ezek az eltérések többnyire már a születés előtt kialakulnak.
A magzat agya néhány őssejtből fejlődik specializált idegsejtek milliárdjaiból álló szervvé. Ennek a fantasztikus fejlődésnek a során bekövetkezhetnek apró eltérések, hibák, amelyek megváltoztatják az idegsejtek közti kapcsolatot. Az agyi fejlődés nagyon érzékeny a tápanyagellátás zavaraira. Ha ez a fejlődés korai szakaszában történik, akkor általában elhal a magzat, vagy súlyosan fogyatékos lesz a megszületendő gyerek. Ha a probléma később lép fel, amikor a sejtek már specializálódtak, akkor a következmények messze nem olyan súlyosak. A tudósok némelyike úgy véli, hogy ezek az átmeneti anyagcserezavarok váltják ki a későbbi tanulási problémákat.
Magyarázatra vár azonban az a kérdés, hogy miért gyakoribb egyes családokban a tanulási zavar, van-e genetikai oka az ilyen halmozódásnak? Mivel eddig nem találtak olyan géneket, amelyek felelőssé tehetők a tanulási problémákért, semmi biztosat nem lehet mondani. A tapasztalatok nagyon különbözőek. Ha például valamelyik szülőnek komoly beszéd zavara van, biztos, hogy kevesebbet fog kommunikálni a gyerekével, és a hibás artikulációt, szóhasználatot átveszi a gyerek is. Ilyenkor valószínűleg nem genetikai kapcsolat van a szülő és a gyerek problémája között, hanem elleste, lemásolta a rossz példát. Máskor viszont szinte biztosra vehető az öröklődés, amikor például három generáción keresztül hasonló olvasási zavarokról szól a családi krónika.
Sokkal egyértelműbb az összefüggés a dohányzás, alkoholfogyasztás, droghasználat és a születendő gyermek későbbi tanulási problémái között. A dohányzó anyáknak nagy valószínűséggel az átlagnál kisebb súlyú gyermekei születnek, és ezeknek nagyobb esélye van mindenféle fejlődési problémára, beleértve a tanulási zavarokat is. A rendszeres alkoholfogyasztás még súlyosabban érinti a magzatot, mivel bizonyítottan zavart okoz az idegsejtek fejlődésében.
A terhesség során az anya immunrendszere néha a magzat ellen fordul, ami ugyancsak megnyilvánulhat az agysejtek hibáiban. A komplikált szülés, különösen a gyerekre csavarodott köldökzsinór, vagy a más okból elakadt szülés oxigén hiányt idéz elő, aminek szintén lehet következménye a későbbi tanulási zavar.
A modern képalkotó eljárások segítségével ma már működés közben is „belelátunk” az emberi agyba. Ennek köszönhető, hogy sokkal részletesebben megismertük annak szerkezetét és működését. Kiderült például, hogy a diszlexiások agyféltekéi méretükben is eltérnek a nem diszlexiásokétól. Egyelőre nem tudni, hogy ez ok, vagy okozat, de mindenképpen összefügg a tanulási zavarral.
Fontos azonban leszögezni, hogy a fentiek ellenére a tanulási zavar nem egy diagnózis abban az értelemben, ahogy a tüdőgyulladás, vagy bárányhimlő esetén használjuk ezt a kifejezést. Amikor valakinek tüdőgyulladása, vagy bárányhimlője van, akkor az orvos általában tisztában van az okokkal, és tudja, hogy a tüneteket a betegség részeként kell kezelni. A tanulási zavar elnevezés ezzel szemben a lehetséges okok, tünetek sokaságát jelenti és akkor még nem is beszéltünk a „gyógyulás” és a „gyógyitás” számtalan változatáról. A tanulással kapcsolatos problémák nagyon sokféle formában jelentkeznek, kis túlzással, nincs két egyforma eset. Ráadásul nem minden tanulási probléma vezethető vissza az agyfejlődés és agyműködés eltéréseire. Sok gyerek egyszerűen lassabban fejlődik, mint a többiek, vagy egyes készségei maradnak el jelentősen a kortársaiétól. Az iskolaérettnek minősített gyerekek között akár kétévnyi eltérés is lehet a különböző készségek fejlettségében, a nélkül, hogy ezt tanulási zavarnak lehetne nevezni. Az ilyen gyerekek azonban néhány év alatt minden beavatkozás nélkül felzárkóznak.