Több egyházi vezető is megdöbbent, amiért a kedd hajnalban elfogadott új egyházügyi törvény nem biztosította számukra az „elismert egyház” státust. A Fidesz-KDNP képviselőinek szavazataival elfogadott törvény 14 magyarországi egyházat ismert el, és az összes többi jelentkezőről egyenként, kétharmados többséggel kell döntenie az országgyűlésnek.
Csernák István, a mintegy kétezer tagot számláló, több mint százéves Magyarországi Metodista Egyház szuperintendense azt mondta, hogy „sokkolta” őket, amikor megtudták, hogy nincsenek az elismert felekezetek között. Ugyanakkor az új jogszabályt „fontosnak és szükségesnek ítélik”, mert „kiszűri a bizniszegyházakat”.
Csernák szerdán tárgyalt Szászfalvi Lászlóval, a Közigazgatási és Igazságügyi Minisztérium egyházi kapcsolatokért felelős államtitkárával, aki támogatásáról biztosította egyházi bejegyzésüket. Ennek megfelelően a lehető leghamarabb benyújtják irataikat elismert egyházzá nyilvánításukhoz.
Bolek Zoltán, a Magyar Iszlám Közösség elnöke „megdöbbent” arra a hírre, miszerint nem szerepelnek az elismert egyházak között, de tudomásul vették a döntést. A kormányzat képviselőivel tárgyalva azonban „megnyugtatták” őket, hogy megfelelnek a törvény által támasztott kritériumoknak. Például annak, hogy legalább húsz éve működniük kell. Mivel a többi iszlámot követő magyarországi egyház még nincs ilyen régi, ezért Bolekék szeretnék majd az ő érdekeiket is képviselni.
Balogh Zsolt, a Magyarországi Karma – Kagyüpa Buddhista Közösség ügyvezetője értetlenségének adott hangot, hogy az utolsó pillanatban több ponton megváltoztatták a törvénykoncepció szövegét. Szerinte annak ellenére, hogy most nem kerültek be az elismert egyházak közé, minden feltételnek eleget tesznek, ezért mihamarabb szeretnék beadni a bejegyzéshez szükséges iratokat. Úgy véli, hogy mintegy 30-40 egyház felel majd meg a törvény által szabott kritériumoknak. Mint mondta, 1989-ben az állam elismerte őket, majd 1990-ben újra kellett regisztrálniuk, így szintén meghaladják a 20 éves korhatárt.
A Magyarországon működő öt buddhista egyházból négy idősebb 20 évesnél. Balogh elégedett volt az eddigi törvénnyel, szerinte a bizniszegyházakat egyedi eljárásokkal is ki lehetett volna szűrni, emiatt nem kellett volna új törvényt alkotni.