Az alkotmánybíróság az egyházi státusz megadásának szabályozását találta alaptörvény-ellenesnek: az Országgyűlés politikai döntése helyett átlátható, tisztességes szabályozás kell, és biztosítani kell az érintetteknek a jogorvoslat lehetőségét. A döntés visszamenőleges hatályú, az összes egyház visszakapja korábbi jogállását. Az alaptörvény negyedik, a parlament előtt lévő módosítása ugyanakkor visszaállítaná a most megsemmisített szabályokat.
Az AB a 2011-es Egyházügyi törvényről (Ehtv) szóló mai határozatának indoklásában leszögezi, hogy az egyházi jogállás felülvizsgálatára irányuló eljárás során is alkotmányos követelmény a tisztességes eljárás és a jogorvoslati lehetőség biztosítása. Az Ehtv azonban nem ír elő részletes indokolási kötelezettséget, a parlament eljárása nincs határidőkhöz kötve, és nem biztosít jogorvoslatot. Az AB-döntése az egyházként történő elismerést az Országgyűlés helyett a bíróságok hatáskörébe utalja.
Az AB szerint viszont nem alkotmányos elvárás, hogy minden egyház azonos jogosultságokkal rendelkezzen, minden egyházzal ugyanolyan mértékben működjön együtt az állam. A vallásszabadsághoz való joggal összefüggő gyakorlati különbségek a testület szerint alkotmányos határok között maradnak, ha nem diszkriminatív jogi szabályozáson alapulnak, és amíg az egyházak közötti különbségtétel gyakorlata nem diszkriminatív. Ez azt jelenti, hogy az AB szerint adott az alkotmányos lehetőség, hogy az egyházakat különböző kategóriákba sorolják.
Az AB arra is kitért, hogy az egyházi státusz parlamenti szavazás útján történő elismerése politikai döntésekhez vezethet. Határozatában a testület nem vitatja az Országgyűlés jogát, hogy részletezze az egyházként történő elismerés tartalmi feltételeit, csak az Országgyűlés által választott módszert tekintik alaptövény-ellenesnek. A testület hangsúlyozza, hogy a nem vallási tevékenységet végző szervezetek (azaz például a „bizniszegyházak”) kiszűrésére, a törvénysértések orvoslására az Országgyűlésnek lehetősége van hatékonyabb jogi eszközöket alkotni.