1838-ban két és fél méter magasan  állt a víz a Margit-szigeten, levonulása után közel egyméteres iszapréteg maradt vissza. Ezután a sziget magasságát több mint két méterrel emelték. A szigeti lejáró 1901-ben készült el, addig csak csónakkal lehetett bejutni. Richard Wagner majdnem itt fulladt a Dunába.

A Margit-sziget a Duna hordalékából jött létre. Régebben gyakran változott az alakja, hiszen amit a folyó elvett a sziget északi csücskéről, azt a déli végén rakta le. Eredetileg három részből állt: a mainál lényegesen keskenyebb középső szigetből, a mai Dagállyal szembeni Fürdő-szigetből az északi végen, valamint a Festő-szigetből a mai sziget délnyugati részén. A Festő-szigetet a 19. század végén a Margit-szigethez csatolták, a Fürdő-szigetet pedig 1874-ben elkotorták. Érdekesség, hogy a Fürdő-szigeten rengeteg artézi forrás volt, amelyek a sziget elkotrása után a Margitsziget északi végén találtak maguknak utat.

A 19. század végéig a Pest felé eső Duna-ág jóval keskenyebb volt, mint a budai főág (lásd balra, egy régi térképen), ezért is tartozik a sziget közigazgatási szempontból a pesti oldalhoz, jelenleg a XIII. kerülethez. A sziget árvízvédelmének 19. század végi kiépítésekor és a Festő-szigettel való egyesítésekor azonban a budai oldal irányába jelentősen kiszélesedett a sziget, ekkor nyerte el mai alakját, és „került” lényegében a Duna közepére. Mivel pedig az árvizek gyakran elöntötték a területet – az 1838. évi árvíz idején például két és fél méter magasan állt rajta a víz -, az árvízvédelmi munkák idején a sziget korábbi 102,5 méteres tengerszint feletti magasságát 104,85-re emelték.

A Nyulak és az Urak szigete

A sziget vélhetően a római időkben is lakott volt. Mivel akkoriban a Duna jelentette a Római Birodalom határát, valószínűleg a sziget is része volt a rómaiak védelmi rendszerének. Lényegesen többet tudunk a sziget Árpád-kori történetéről: ide jártak vadászgatni királyaink udvartartásuk tagjaival. A vadászokról a sziget az Urak szigete neve kapta, a vadászok célpontjairól pedig Nyulak szigete néven kezdték emlegetni a népszerű rágcsálókban gazdag földdarabot. A királyi vadaskert olyan vonzó volt, hogy Imre királyunk (1196-1204) vélhetően e szigeten alakította ki uralkodásának legfőbb központját. A 12. század végén pedig már az első szerzetesek, a premontreiek is megtelepedtek itt.

A sziget első nagy fénykorát furcsa módon a tatárjárásnak köszönhette. A muhi csata katasztrófája után egészen Dalmáciáig menekülő és ott mindkét lányát elveszítő IV. Béla ugyanis fogadalmat tett, hogy amennyiben az Úr újra leánnyal ajándékozza meg, és az ország megmenekül a tatár veszedelemtől, a lányát Isten szolgálatára rendeli. 1242 januárjában született meg a király lánya, Margit, akit IV. Béla a hazatérte után először Veszprémben, majd a Nyulak szigetén alapított Domonkos-rendi kolostorban neveltetett. 1242-ben egyébként maga a király is az épségben maradt szigeti udvarházban telepedett meg, mivel a királyi palotát porig égették a tatárok.

A sziget benépesült: ferences kolostor is létesült, a sziget déli részére beköltöztek a johannita lovagok, az esztergomi érsek pedig a ami Árpád hídtól nem messze épített várat. A király lányának otthont adó domonkos kolostor aztán igazi nagyhatalommá nőtte ki magát. A zárda lakói még az esztergomi érseknek sem voltak alárendelve, közvetlenül a pápa parancsolt nekik, hatalmas birtokokkal rendelkeztek a környéken, s ők voltak Pest és Buda legfőbb urai is. A vámszedés jogával is rendelkeztek, adófizetés pedig természetesen föl sem merült. Nem csoda hát, ha az ország legnemesebb családjai adták leányaikat a Margit-szigeti kolostorba, amely így a korban egyfajta előkelő leánynevelő intézetként is funkcionált.

A kolostor fontos országos eseményeknek is helyszíne volt, hiszen 1266-ban itt kötött békét a fiával IV. Béla. Margit szentté avatási eljárása pedig nem sokkal 1270-ben bekövetkezett halála után megkezdődött, ám sajnos igencsak elhúzódott: csak 670 év elteltével, 1944-ben avatták szentté. A szentté avatási eljárásnak és így közvetve a szigeti helyszínnek köszönhetjük az egyik legelső általunk ismert magyar nyelvű könyv szövegét is.

A Szent Margit csodatételeit dokumentáló iratokra épült a szent királylány magyar nyelvű életrajza, ami vélhetően már a 14. század elején elkészült, hogy a latinul esetleg nem tudó apácák és zarándokok is okulhassanak belőle. Ez a páratlanul bájos nyelvemlék, amely izgalmas bepillantást enged a 13. századi apácák életébe, Ráskay Lea 16. századi Margit-szigeti apáca másolatában maradt ránk. Ez jól jelzi azt, hogy Margit kultusza egészen a 16. század elejéig a zarándokok úti célja maradt. A török hódítás azonban ezt is tönkretette: 1540-ben az apácák Margit ereklyéivel együtt kénytelenek voltak elhagyni a szigetet, a kolostor pedig elnéptelenedett.

A Nádor-sziget

A török időkben a sziget épületeit hadi célokra használták, Budavár 1686. évi ostromakor pedig a még meglévő épületek is elpusztultak. A 18. század idején a sziget lényegében néptelen volt, a piliscsabai uradalom kaszálójaként használták, mígnem aztán az országgyűlés az 1790-ben a frissen nádorrá választott Sándor Lipót főhercegnek, II. Lipót császár és király fiának adta ajándékba, hogy hamarabb otthon érezze magát Magyarországon. Az 500 éve tartó egyházi uralmat fölváltotta tehát a Habsburgok sajátos „magyar ágának”, a nádoroknak az uralma, ami egy bő évszázadig, 1909-ig tartott. A szigetet ezért gyakran emlegették a nádori méltóság latin nevéből Palatinus-szigetnek, ennek emlékét őrzi a Palatinus strand neve is.

Sándor Lipót főherceg megkezdte az elhagyatott sziget fölújítását, és 1795-ben bekövetkezett halála után ezt a munkát folytatta öccse, a nádori posztot 50 éven át betöltő József főherceg is. A sziget tehát a nádor magánbirtoka lett, gondosan elrendezett parkjába növényritkaságokat ültettek, a nádornak pedig szép palotát építettek, amely később szállodaként funkcionált, ám 1945-ben sajnos elpusztult. A főúri kéjlak természetesen nem volt látogatható az „átlagemberek” számára.

Jöttek viszont a híres vendégek: 1814-ben a nádor híres Margit-szigeti szőlejében együtt szüretelt az Európa sorsának újrarendezésén munkálkodó bécsi kongresszusról Pestre átránduló I. Ferenc osztrák császár, I. Sándor cár és III. Frigyes Vilmos porosz király. A sziget szépségét az 1838. évi nagy árvíz rontotta el: a víz levonulása után közel egyméteres iszapréteg maradt a szép park helyén. A károkat a nádor természetesen hamar kijavíttatta.

Kéjlakból közpark

1849 után a nádori méltóság megszűnt, József Károly főherceg, József nádor unokája pedig fokozatosan megnyitotta a szigetet a nagyközönség számára. A szigetet az 1870-es évektől kezdődően belépti díj fejében már bárki látogathatta, s ekkorra tehető a sziget már említett szabályozásának kezdete is.

1876-ban elkészült Budapest második állandó hídja, a Margit híd, amely azonban egyelőre még nem érintette a szigetet, hiszen a szigeti lejáró csupán 1901-ben készült el (addig a sziget csak csónakkal volt megközelíthető). A szigetre egyik leghíresebb vendége, a kései korszakának számos remekművét a sziget nyugodt fái között megalkotó Arany János is csak lélekvesztővel juthatott át. Richard Wagner, a híres zeneszerző például egy alkalommal majdnem a Dunába fulladt, amikor vihar támadt a csónak kikötésekor.

A 19. század második felében folytatódott a sziget kiépülése. Ahogy a Habsburgok egy magántársaságnak adták bérbe a szigetet, sorra nyíltak az éttermek, szállodák és mulatók. 1871-ben még a lóvasút is megkezdte működését, és önmagát messze túlélve egészen 1928-ig szállította az utasokat. A sziget északi részén ekkor kezdték föltárni az artézi kutakat.

A sziget jogi státusa 1909-ben rendeződött: a főváros 11 millió koronáért megvásárolta a Habsburgoktól a szigetet, azóta a Margit-sziget Budapest főváros tulajdonában áll. A tranzakcióról rendelkező 1908. évi XLVIII. tc. 6. § pedig örök időkre nyilvános kertté avatta a szigetet.

A szigeti lejáró megépítését és az állami tulajdonba vételt követő évtizedekben alakult ki a sziget ma ismert képe. A József nádor által telepített park főbb elemei megmaradtak, ám kiegészültek a tömegszórakoztatás jellegzetes épületeivel: elkészült a Palatinus strand, a Nemzeti Sportuszoda, a Szabadtéri Színpad, a Víztorony, valamint az eredetileg Marosvásárhely középpontjában álló Zenélő kút. 1914-ben és 1937-38-ban kezdték meg föltárni a sziget középkori maradványait, a háború előtti években pedig megkezdődött a Margit-szigetet a fővárossal összekötő második híd, az Árpád híd építése is.

A Budapest polgárainak békés pihenését szolgáló sziget fejlődését egyedül a második világháború vetette vissza. 1945. január 19-ről 20-ára virradó éjszaka a hőmérséklet -20 fok alá esett, így a szovjet csapatok a sziget északi végén át tudtak kelni a Duna jegén, így meglepték a szigeten állomásozó SS-alakulatokat. Elkeseredett harc kezdődött, a német védősereg maradékai csak január 28-án vonultak vissza Budára. A harcokban a sziget épületeinek döntő többsége, köztük például József nádor palotája is megsemmisült.

Azóta a sziget épületeinek nagy részét restaurálták, és tovább folytatódott a kolostor föltárása is, valamint az 1980-as években elkészült az Árpád híd kiszélesítése is.