Balog járt a Debreceni
Református Teológiai Akadémiára is, majd szakirányú tanulmányait a Budapesti Református Teológiai Akadémián fejezte be, ahol 1983-ban református lelkészként végzett.
Ettől az évtől 87-ig Maglódon és öt másik községben dolgozott lelkészként. Ezután több egyetemen tanult, tanított és kutatott, de 1996-tól ismét lelkészként tevékenykedett, méghozzá a budapesti németajkú református egyházközségben. Miután politizálni kezdett, majd képviselő lett, a lelkészkedést az öszeférhetetlenség miatt 2018. októberéig szüneteltette.
Balog 2018. őszén, amikor visszatért a lelkészkedéshez, még olyan nyilatkozatot adott, amiből az látszott kiderülni, hogy az általa vitt politikai szerepet – miniszteri lemondása után romaügyi miniszterelnöki biztos lett és ő vezeti a Fidesz pártalapítványát is – a lelkészi hivatással összeegyeztethetőnek tartja, az egyházi vezető szereppel viszont már kevésbé.
A Szemlélek blognak adott nagyinterjújában ugyanis arra a kérdésre, hogy “felmerül-e a szószékre kiálló Balog Zoltán lelkészben, hogy mi lesz azokkal a hívekkel, akik nem a kormánypárttal szimpatizálnak?”, a következőt válaszolta:
Hogyne! Eddig is felmerült. De én hiszek a szavak, az érvelés erejében. Nem vagyok pártvezető, sem egyházi vezető. Ha én a kormány politikájáról beszélek, az egy keresztyén ember véleménye, melyet megoszt a közösségével, és meg is vitat. De ez már nem a kormány vagy az egyház hivatalos álláspontja. Fontos különbség! Arra is szükség van persze, hogy püspökök nyilatkozzanak, zsinatok határozzanak.
Azt, hogy püspökként átpolitizálja-e a református egyházat, most még természetesen nem lehet tudni, az október végi interjúban az egyházi szerepvállalásáról beszélve mindenesetre úgy fogalmazott, hogy “de ezután is vállalom azt a közéleti álláspontot, melyet eddig képviseltem.”
A HVG írta meg, hogy Balog Zoltán, korábbi Emberi Erőforrások Minisztériumának minisztere püspök lehet. Mint hozzátette a lap, már kész tényként kezelik a református egyházi körökben.